亦庄镇元、明、清时期为封建帝王行围狩猎“南海子”一部分。清光绪十八年（1902年）设南苑督办垦务局，准许招佃开垦旷闲土地，始有大批移民迁徙至此屯垦成村。1962～1983年，先后有古巴、印度尼西亚、朝鲜、越南、柬埔寨、阿尔巴尼亚、菲律宾、美国和约旦等国家首脑或高级官员来亦庄参观访问。
2022年10月，2022年淘宝镇名单发布，亦庄地区上榜。
2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，亦庄地区榜上有名。
2020年11月，亦庄地区被授予第六届全国文明村镇称号。
亦庄地区原属南海子皇家苑囿的一部分，清末逐渐形成村落。
民国二年（1913年），亦庄地区属直隶省冀州（今河北省）大兴县。
1953年6月，鹿圈乡成立。
1958年6月，鹿圈乡并入南郊农场。
1963年年初，朝阳区十八里店公社的大羊坊南北村、小羊坊、康村4个村队划入红星公社亦庄大队。
1983年10月，红星人民公社撤销。
1984年5月，亦庄乡成立。
2000年3月，亦庄、鹿圈2乡合并为亦庄镇。
2005年6月，设亦庄地区办事处，与亦庄镇实行“一套人马，两块牌子”。
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