西红门镇辽金时期即已形成聚落，始称西綦里，与东綦里相对。“綦”字意为行路艰难。元代在其东辟“下马飞放泊”供巡幸打猎之用。至明代将“飞放泊”扩大，并改名“南海子”且大兴土木。时有大批民工陆续来此地落户，村落渐大，住户猛增，时以“千户屯”为名。明永乐十二年（1414年）辟建南海子东、南、西、北四门，西红门为其西门，设兵丁驻守。清康熙年间于此置邮舍，多以西红门为名，“千户屯”渐废。镇西有清康熙年间重修清真寺1座，列为区级文物保护单位。
2024年3月，被命名为2021-2023年度首都文明村镇。
2022年10月，2022年淘宝镇名单发布，西红门地区上榜。
2021年10月，南京大学空间规划研究中心、阿里研究院联合发布2021年淘宝镇名单，西红门地区榜上有名。
西红门地区明清时期属京都顺天府大兴县。
民国三十五年（1946年），属北平市南苑区。
民国三十七年（1948年），属北平市第二十三区，后属第十一区。
1953年，属南苑区，设西红门乡。
1958年5月，划归大兴县。
9月，属黄村镇。
10月，属红星公社。
1972年，西红门大队改为西红门分场（也称西红门管理区）。
1984年5月，成立西红门乡。
1990年8月，西红门乡改镇。
1998年9月，西红门镇重新划归大兴区。
2000年3月，金星乡并入。
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